Periode voor 1425
Het is aannemelijk dat Nisse is ontstaan aan een dichtgeslibde zijtak van de vroegere zeearm “de Zwake”. Uit recent archeologisch onderzoek is gebleken, dat een allereerste begin van bewoning kan worden gesitueerd vóór de grote stormvloed van 1134.
Reeds in de tweede helft van de 12e eeuw zal op de huidige plaats van de dorpskerk een klein kerkje zijn verrezen, want in een oude oorkonde van Bouwijn II, bisschop van Utrecht van 1178 – 1196, wordt de parochie al genoemd.
Periode 1425 – 1525
De bouw van de huidige kerk. De huidige, aan O.L.Vrouwe gewijde dorpskerk werd grotendeels in de 15e eeuw gebouwd en verving een veel oudere kerk, die in 1425 om onbekende redenen werd afgebroken. De kerk is een bakstenen gebouw in de vorm van een kruiskerk, waarvan de bouw in ca. 1425 is begonnen en al met al bijna honderd jaar heeft geduurd. Algemeen wordt aangenomen dat de toenmalige ambachtsheer, Hendrik II van Borselen, Heer van Veere en Sandenburg, de opdrachtgever is van de uitbreiding van de kerk met het koor. Transept werd in de eerste helft van de 16e eeuw toegevoegd. Een grote restauratie heeft plaatsgevonden in de jaren 1920 – 1921.
Periode 1920 – 1921
De grote restauratie vond plaats, waarbij muurschilderingen aangetroffen zijn.
Periode 1921 – heden
In 2011 heeft een grote restauratie van het dak en ermee samenhangende onderdelen plaatsgevonden. Er vindt jaarlijks onderhoud plaats in het kader van de BRIM-regeling.. Omdat de BRIM-regeling ook mogelijkheden schept voor interieur-restauratie is besloten om de binnenkant van de koorkerk (waarin de diensten worden gehouden) op te knappen. In 2012 is begonnen met deze restauratie, waarbij tegelijkertijd het plafond is meegenomen. Deze restauratie is in februari 2013 afgerond met een her-ingebruikneming op zondag 17 februari in een feestelijke dienst.
